很多引起花卉生病的病菌是躲在土壤里过冬的，因此，在冬天很有必要对土壤进行彻底的消毒。
首先，可用甲醛（福尔马林）或五氯硝基苯等药剂杀灭土壤里的病菌。每50克这种药剂兑水2升～2.5升，可喷洒15厘米～20厘米厚的土壤1平方米。喷洒要均匀。喷药后用塑料布盖严，熏蒸四五天，然后去掉塑料布，翻动土壤，使其散去药味， 15天后方可栽花。如果需要杀灭的是线虫，则可按每平方米用80%二溴丙烷油10克兑水3升的比例，调治好后均匀喷在土上，立即用塑料布盖严，六七天后去掉塑料布，翻动土壤，15天左右就可用来栽种花卉了。
如果花卉的种植面积不大，大可采用烧土法和炒土法来给土壤杀毒。烧土法是把土平摊在地面上，厚度约30厘米，在上面堆上柴草燃烧 20分钟以上;炒土法是用破锅炒土，温度保持在90℃以上，炒20～30分钟后晾干。