有人说，北京猿人化石在秦皇岛被运上“哈里森总统号”邮船，在赴美途中与邮船一起沉入海底；也有人说，邮船被日军俘虏，化石被日军截留，后来几经易手，终于下落不明。如果是前者，那么北京猿人化石从地底下重见天日后又沉入了海底；如果是后者，它很可能秘藏在日本民间。还有一种说法是，北京猿人化石根本就未出北平城。它被埋在美国驻京公使馆的后院里。一个在美国海军陆战队总部门口担任过守卫之职的卫兵回忆说，珍珠港事件爆发前夕，他看到有两人将一箱东西偷偷地埋在院子里。他估计有可能是北京猿人化石。当年埋宝的地方，现在造有建筑物，因而无法挖掘。真假如何，尚是未知数。“北京人”化石将会在什么地方出现呢？疑团未释，一切未知。