因人而异。
鼻拭子和咽拭子在采样的过程中或多或少都会引起一定的不适感，但那个更痛苦则是因人而异的，像鼻拭子和鼻腔的结构以及采取工作人员的手法有很大关系，如果鼻腔结构比较特殊，如鼻中隔偏曲或鼻甲肥大等情况，采集过程中患者痛苦感会增加。
但如果本身有咽喉不适，如有慢性咽炎的患者，进行咽拭子采集也可能会引起强烈不适。
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