准噶尔人汗国的民族主体是漠西蒙古族，当时的清政府称之为卫拉特蒙古。
准噶尔汗国是准噶尔部（卫拉特地区的一支）的首领噶尔丹于1676年打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗之后，把松散的联盟体制步步改变为集权的政权体制后建立的君主制国家。噶尔丹通过把准噶尔首领的台吉地位上升为汗王地位，在1678年正式建立了一个汗国。数年后，噶尔丹出兵降服了天山南路的叶尔羌汗国，征服吉利吉思（布鲁特）、费尔干纳盆地，击破哈萨克部落，开始称霸中亚。
为了平定准噶尔噶尔丹的叛乱之战，清政府在康熙二十九年（1690年）到康熙三十五年（1696年）清军三次征伐漠西蒙古（卫拉特）准噶尔部。此战清朝不仅成功阻止了准噶尔的东进，又将喀尔喀蒙古并入版图，为乾隆年间平定准噶尔奠定基础，是一次维护祖国统一、反对民族分裂的正义战争。
噶尔丹败亡后，他的侄子策妄阿拉布坦继任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大起来，与清朝再次发生冲突。1716年，准噶尔部出兵西藏，占领拉萨。1718年，清朝由青海出兵入藏，全军覆没。1720年，清朝第二次出兵，赶走准噶尔军。1755年，乾隆帝趁准噶尔内乱之机出兵进占伊犁、击溃达瓦齐军。1757年，清军平定阿睦尔撒纳的叛乱，完全控制卫拉特区域，准噶尔汗国灭亡。
清朝为了平定准噶尔的叛乱，进行了近70年的战争，从康熙二十九年（1690年）正式打响（三征噶尔丹），一直到乾隆二十年（1758年）才宣告结束，堪称中国版的百年战争。