在第383话中，鸣人第一次知道了佩恩是自来也的徒弟，对他的做法很生气，两人此后并没有多说什么，鸣人利用仙人模式和佩恩一较高下。
弥彦用神罗天征将木叶夷为平地，就在这个时候，鸣人回来了。看到眼前的景象，鸣人完全不相信这就是曾经的木叶村。火影用尽查克拉保护了村子的人，可是自己却一点战斗力都没有了，即使是这样，她还是决定站在战场上，赌上火影的名义同佩因一战。鸣人看到佩因动手攻击纲手，果断出击，仅仅一拳就打倒了一个佩因，鸣人和佩因的战斗终于开始了。
进入仙人模式的鸣人可以无伤使用风遁螺旋手里剑，他准备利用这招一次性解决佩因，没想到这次的螺旋手里剑比以前的更为强大，它不仅可以让鸣人丢出去还会慢慢扩大伤害范围。为了切断轮回眼之间的联系，深作夫妇也加入了战斗，深作大人趁着风遁沙尘，将蛤蟆文太丢到了鸣人身边，在黑暗中，能够使用召唤术的佩因被鸣人轻松干掉。