理论上来说，操作规范的情况下，鼻拭子和咽拭子的结果以及准确度会是一样的。但在实际临床工作中，及采集标本的试剂里，鼻拭子、咽拭子需要采集呼吸道黏膜上的分泌物，采集过程中都有一定刺激性。尤其是咽拭子易出现不规范的现象，比如没有压舌板，被采集者咽部比较敏感，无法采集到合格量的标本。此外咽拭子需要被采集者把嘴张开，这样很容易形成气溶胶，污染周围环境。
而鼻拭子在采集过程中则不会出现这种情况，相比之下，结果也会更加准确。
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