是根据采样时间计算。
三天两检核酸检测必须以采样时间为准，因为核酸检测是一种“进行时”检测，通过实时荧光聚合酶链反应，来检测病毒基因组中特定的核酸序列，从而判断被检测者此刻是否感染了病毒，也就是说，核酸检测只能测出你在采样时是不是健康。
如果不以采样时间计算的话，从采样到检测中间会有一定的间隔，这个间隔可能是几个小时甚至更长，如果所采人员是一个传染源，从采样到出核酸检测结果中间这段时间，就可能会给管理或者溯源造成一定困惑，无法判定具体是什么时候感染的，因此核酸检测的计算时间必须以采样时间为开始时间。