导致核酸检测出现假阳性的原因很多，像标本的污染、试剂的污染、扩增产物的污染、气溶胶污染以及实验室中克隆质粒污染等都可能会影响核酸检测结果，导致其出现假阳性，具体如下：
标本污染
核酸检测采样人员在收集标本时容器被污染，或者在放置标本时，如果容器密封不严病毒外泄，容器与容器之间会发生相互交叉污染。其次医生在提取核酸模板时，如果加样器污染也会导致要本间发生污染的情况发生。
PCR试剂污染
PCR试剂在调配的过程中，有可能被双蒸水、加样枪、容器等污染。
PCR扩增产物污染
PCR扩增产物污染是一种最常见的污染问题，PCR产物的拷贝量大于1013copy/mL,即使被很少量的PCR产物污染，就会导致假阳性的发生。
气溶胶污染
空气与离心机离心和液体表面进行摩擦时，由于操作比较剧烈，医生在反复吸样和开盖时就会导致气容胶发生污染。气溶胶中的小颗粒会分散在实验室的空气中，可能会落到PCR仪、验台面、吸头盒等地方，形成叉感染。
实验室中克隆质粒污染
实验室中的克隆质粒在被纯化时需要的用具和试剂比较多，而且在活细胞内质粒，活细胞的繁殖速度更快，其生命力更强，造成污染的可能性也就更大一些。